Так как раз Директива не очень удачный пример

Вы сейчас размышляете как рядовой сотрудник АВН, невнимательно читая директиву. В обсуждаемом здесь случае необходимо читать Art. 16(1) и Art. 17 этой директивы, а вот процитированная Вами часть статьи 16 (с упоминанем пяти лет пребывания) относится к тем обладателям ВС, которые для получения DA-EU аккумулируют сроки пребывания по ВС в разных государствах-членах ЕС:

Artikel 16
Rechtsstellung langfristig Aufenthaltsberechtigter in der EG für die Inhaber der Blauen Karte EU

(1) Die Richtlinie 2003/109/EG wird mit den in diesem Artikel genannten Ausnahmeregeln angewandt.
(2) Abweichend von Artikel 4 Absatz 1 der Richtlinie 2003/109/EG ist der Inhaber einer Blauen Karte EU, der die Möglichkeit nach Artikel 18 dieser Richtlinie genutzt hat, berechtigt, Aufenthaltszeiten in mehreren Mitgliedstaaten zu kumulieren, um die vorgeschriebene Aufenthaltsdauer nachweisen zu können, sofern folgende Voraussetzungen erfüllt sind:
a) fünf Jahre rechtmäßiger und ununterbrochener Aufenthalt in der Gemeinschaft als Inhaber einer Blauen Karte EU; und
b) unmittelbar vor Einreichung des Antrags zwei Jahre rechtmäßiger und ununterbrochener Aufenthalt als Inhaber einer Blauen Karte EU im Hoheitsgebiet des Mitgliedstaats, in dem der Antrag auf Erteilung der langfristigen Aufenthaltsberechtigung in der EU gestellt wird.
...

а в Artikel 18 как раз и описана ситуация пребывания по ВС в разных государствах-членах ЕС и условия зачёта строков такого пребывания для получения DA-EU. Автора вопроса это с большой долей вероятности не касается, т.к. она наверняка прожила все пять последних лет в Германии.