бабушка была записана эстонкой в СОР мамы

Тогда от нее нельзя вести происхождение, как от лица немецкой национальности.

она попала на оккупированную территорию и получила гражданство

А вот это интересно, если бабушка получила гражданство Германии, то от нее можно вести происхождение (как от гражданки Германии), надо только доказать, что она его получила. Сделайте запрос в Бундесархив. Как это сделать, узнайте лучше в группе "Забытые внуки Германии" https://groups.germany.ru/707262.html?Cat=

Год смерти в справке (архивной и о реабилитации) на прабабушку не указан. Эти данные от родственников "со слов".

Если год смерти не указан, то можно и от прабабушки вести происхождение, ведь ничто не указывает на то, что ее не было в живых на 8 мая 1945 года.

А что конкретно написано в справках? В каком году она была снята с учета? Можете их здесь выложить или в личку? Интересуюсь, т.к. у меня дед умер в 1949-м году и в его справках отражено, что он умер на спецпоселении.