Вполне вероятно, что они имели в виду "система также проверяет, выполняются ли предпосылки для выдачи нидерландской DA-EU [и если они выполняются, вместо местного аналога немецкой NE, наверное, выдают DA-EU]".

Скорее всего, да.

Верно, см. Art. 16 директивы 2009/50. Работает это, кстати, не только в NL, но и во всех государствах-членах ЕС, где существуют ВС и DA-EU.

В том-то и дело, что они имеют в виду не аналог DA-EU здесь, а аналог NE. Посмотрите внимательно: https://ind.nl/en/permanent-residence/Pages/permanent-resi... Страница оформлена немного криво, но суть такова, что здесь DA-EU лишь упоминается, но, вцелом, здесь расписаны требования для аналога NE.

"You have been living in the Netherlands for 5 years or more with a valid residence permit. Unless you fall under an exempt category. "

А далее, указано, как для этого аналога NE можно сократить срок с 5ти лет до 2х. https://ind.nl/en/Pages/Exeptions-5-year-term-permanent-re... Но во втором случае требуется предварительные 3 года проживания по ВК в ЕС:

You have a valid European Blue Card, and all of these situations apply:
You have lived for 5 consecutive years in one or more EU/EEA countries with a valid European Blue Card.
You have lived, immediately prior to the time you submitted the application, for at least 2 consecutive years with a valid European Blue Card in the Netherlands .
You have lived (in these 5 years) no longer than 12 consecutive months, and in total no longer than 18 months outside the European Union.

Требования для DA-EU указаны на отдельной странице:

https://ind.nl/en/permanent-residence/Pages/application-fo...

Или вы считаете, что они именно требования для DA-EU дважды расписали? Было бы странно, мне кажется..
Посмотрите исходную страницу:
https://ind.nl/en/permanent-residence