1. Может ли мой муж гражданин Германии, подать на временное проживание РВП Российский, в городе Калининград, если я прописана в Санкт-Петербурге?
2. Или мое место прописки не имеет никакого отношения к РВП мужа!
3. Если получится подать в г. Калининград на РВП, мужу нужно будет делать там регистрацию?

Заявление на РВП подается по месту предполагаемого проживания. Т.е., если вы собираетесь жить в Калининграде - подаете там. После получения РВП делаете временную регистрацию. РВП имеет территориальную привязку!!!

4. На сайте Российского Консульства в Бонн написан список документов, среди них муж должен предоставить вид на жительство или иной документ, выданный полномочным органом иностранного государства, который подтверждает проживание иностранного гражданина вне государства его гражданской принадлежности. Это немецкая прописка я так понимаю или??? На него нужно аппостиль проставлять?

Это нужно было бы в том случае, если бы Ваш муж был, допустим, турком, проживающим в Германии. Вашему мужу паспорта достаточно.

5. Справка о несудимости...на нее тоже нужен апостиль?

Апостиль нужен обязательно, без него документ у Вас просто не примут.