Вариант 1 лучше отбросить сразу и навсегда. Это я как опытный юзер разных спектральных приборов со всевозможными интерфейсами ответственно заявляю. Все, что борда должна делать - это управлять железом и зафундыривать данные в БД (имхо, SQL-сервер здесь самое гибкое и логичное решение). Никакую визуализацию на борду лучше не вешать и не заморачиваться в принципе.

Для варианта 2 есть неожиданное предложение - сделать хотя бы на первое время десктопную морду на Origin-е с использованием все евойной немерянной мощи для визуализации, сейчас User Interface Module включен даже в обычную (не-Про версию), данные переправлять через какой-нибудь mySQL, что тоже весьма несложно программируется в OriginC. Займет какое-то время, но остов за неделю можно сделать железно при желании и упорстве, визуализацию можно клепать на LabTalk-е, это будут ооооочень компактненькие скриптики из нескольких строк (по опыту), все выводить на кнопки UIM, программизма минимум. Такие решения для _коммерческих_ люминесцентных спектрометров я уже встречал. Сам бы тоже мог сляпать, не бог весть какая сложность - собственно, я что-то похожее на работе и сляпал для визуализации данных технологического процесса, ибо плохо перевариваю Ексель (а у нас стандартная визуализация на нем).

Я даже встречал тройные системы - борда/встроенный линукс-сервер/внешний вендовый десктоп в одном флаконе на MALDI-TOF.

ЗЫ. Чуть не забыл. В последних версиях Origin розумеет ЕЩЕ И Python (в дополнение к LabTalk и OriginC). Тоже может оказаться полезным.