Чтобы найти конспирологию в вопросе о нотах - нужно обладать приличной фантазией.

Конспирология Ваша проявляется в попытках увязать 7 нот и с природой материалов, воспроизводящих звуки, и со средой, в которой звук распространяется...
А вот, что кроме набора из семи тонов существуют ещё и полутона, которые обозначаются бемолями и диезами, Вы как-то упустили.

Цифр не десять, а - как утверждают - бесконечное множество.

И здесь Вы ошибаетесь.
Это не цифр, а чисел бесконечное множество, а цифр в десятичной системе именно десять, в двоичной системе - две, в восьмеричной системе - восемь и вообще можно придумать любую цифровую систему с любым основанием.

И в ней количество цифр будет соответствовать этому основанию.

А вот то, что основных нот только семь - об этом я слышу всю свою жизнь.
И вопрос здесь - о чисто физической природе этого явления.

Думаю, что причина этого вовсе не в физической природе явления, а в случайности, положившей начало традиции.
Точно так же можно было бы спросить и в отношении семиструнной гитары..., но вот шестиструнная гитара даже более распространена.

Явно не стоит искать во всём глубинные замыслы, если для этого хватает и простой случайности.