Библия это картинка-пазл. Когда всё становится на свои места, сомнениям уже не остаётся места.

Судя по всему, паззл вами уже собран.

Мне вот что интересно узнать: 12 Апостолов были избраны Самим Богом - Иисусом.

Были ли они все праведниками? Если нет, то для чего в Апостолы были избраны грешники?

Апо́столы, ед. ч. апо́стол (др.-греч. ἀπόστολος — посол, посланник — от «посылать», др.-греч. ἀποστέλλω) — ближайшие ученики и последователи Иисуса Христа, проповедовавшие Евангелие и устрояющие Церковь.

В узком смысле термин «апостол» относится к двенадцати непосредственным ученикам Христа (Мф. 10:2—4; Лк. 6:13—15);

И как в Новый Завет попало Послание Иуды, который предал Иисуса? Или это был совсем другой Иуда?

И вопрос о Фоме:

Согласно Евангелию от Иоанна, Фома отсутствовал при первом по Воскресении из мёртвых явлении Иисуса Христа другим апостолам и, узнав от них, что Иисус воскрес из мёртвых и приходил к ним, сказал: «Если не увижу на руках Его ран от гвоздей, и не вложу перста моего в раны от гвоздей, и не вложу руки моей в рёбра Его, не поверю» (Ин. 20:25). Явившись апостолам вновь, Иисус предложил Фоме вложить палец (перст) в раны, после чего Фома уверовал и произнёс: «Господь мой и Бог мой!» (Ин. 20:28). Евангельское повествование оставляет неясным, вложил ли Фома на самом деле свой перст в Христовы раны или нет. По мнению одних богословов, Фома отказался сделать это^[4], другие же считают, что Фома прикоснулся к ранам Христа^[5].

Почему бы Иисусу не повторить для всех сомневающихся то, что Он проделал для Фомы?

Для Бога же все люди равны...))