По закону РФ внутренний паспорт гражданина оформляется с 14 лет. Этот документ обязаны иметь все граждане России, достигшие 14-летнего возраста и проживающие на территории Российской Федерации.

Я не проживаю на территории РФ с 13 летнего возраста, поэтому я не имею внутреннего паспорта.

С точки зрения регламентов, имея прописку, вы проживаете на территории России. Поэтому вами с 17 лет интересуется военкомат для постановки на первичный воинский учет. Обязанность воинского учета (а точнее _неучета_ в вашем случае), с пропиской, конечно, не связана, а связана только с длительностью пребывания за рубежом. Но чтобы подавить интерес военкомата к вам, как к потенциальному призывнику, вам, или вашим родственникам, придется посетить военкомат и предоставть доказательства вашего пребывания за границей - вид на жительство, справку о регистрации в ФРГ, справку из школы и т.п. Если бы не было прописки, то данная ситуация не возникала бы вообще. Более того, вы теперь без оформления внутреннего паспорта, вряд ли вообще сможете выписаться, т.к. вам больше 14 лет.

Я узнал, что он не оформляется в Посольстве РФ на территории Германии.

Да, и это логично. Потому что постоянно проживающие за рубежом (без прописки в РФ) во внутреннем паспорте не нуждаются, а постоянно проживающие в России (с пропиской в РФ), могут оформить внутренний паспорт по месту жительства. Именно поэтому Министерство иностранных дел (Консульства) не уполномочено заниматься внутренними паспортами, и это исключительная прерогатива Министерства внутренних дел (ФМС/полиция).