1) Какие следующие шаги после получения Einbürgerungsurkunde?

Если хотите отказаться от отчества или онемечить фамилию и имя, то после получения Einbürgerungsurkunde надо сначала идти в Standesamt и делать соответствующие изменения, только потом заказывать паспорта.

Если ничего менять не хотите, то можно сразу заказать паспорта.

2) Нужно ли взрослому обычному человеку Nachbeurkundung? Получал ли кто-нибудь?

Nachbeurkundung чего именно?
Мы делали Nachbeurkundung СОБ, а дочка делала Nachbeurkundung СОР, потому что при подаче документов на дочкин брак нужны были и её СОР, и наш СОБ, но маленький баварский ЗАГС не имел опыта с иностранными документами и не знал толком, что делать с российскими вариантами и последующими переменами ФИО. Нам оказалось проще сделать Nachbeurkundung (в городах по месту жительства, где сотрудники ЗАГСов гораздо опытнее ), после чего с немецкими документами сотрудники того маленького ЗАГСа разобрались сразу.

3) Можно ли параллельно с отказом от отчества вписать в свой ID степень кандидата наук?

Если у Вас есть такое право (Doktortitel führen), то, разумеется, можно вписать ученую степень в паспорта.