Nachteile

Nachteilig sind die hohen Energiekosten, die mit dem Erzeugen des Wasserstoffs verbunden sind. Die Herstellung aus Synthesegas erfolgt momentan aus fossilen Brennstoffen. Die Energiedichte nach Gewicht oder Volumen ist nur halb so groß wie bei Benzin. Methanol ätzt Aluminium, die Verwendung von Aluminiumteilen im Motor-Kraftstoffeinlass-System kann daher problematisch sein.

Durch die Hydrophilie können sich besonders bei kaltem Wetter gelartige und feste Einlagerungen im Kraftstoffeinlass-System bilden, dort ist eine Abspaltung eines nicht brennbaren und korrosiven Bestandteils möglich. Methanol, wie auch Spiritus, erhöht die Permeabilität einiger Kunststoffe für Kraftstoffdämpfe, zum Beispiel bei Polyethylen hoher Dichte. Diese Eigenschaft des Methanols birgt das Risiko einer Erhöhung von Emissionen an flüchtigen organischen Stoffe (VOCs) aus dem Kraftstoff, was zu erhöhtem troposphärischem Ozon beiträgt.

Methanol besitzt im Gegensatz zu Benzin oder Diesel keine schmierend wirkenden Eigenschaften. Dies verbietet beispielsweise den Einsatz von Methanol in Pumpen, die auf die Schmierwirkung des Fördermittels angewiesen sind.

Methanol wirkt sehr stark entfettend und korrosiv.

Methanol besitzt eine niedrige Flüchtigkeit bei kalten Wetter. Methanol-betriebene Motoren könnten daher Startschwierigkeiten haben und laufen unwirtschaftlich bis zur Erreichung der Betriebstemperatur. Methanol ist giftig und weist sogar eine geringere letale Dosis bei der oralen Aufnahme auf als Benzin. Auf der anderen Seite enthält es – anders als Benzin – keine karzinogenen Stoffe; eine schädliche Wirkung des von der WHO 2004 als „krebserregend für den Menschen“ (CMR-Gefahrstoff) eingestuften Abbauprodukts Formaldehyd ist umstritten, da dieses schnell weiter zu Ameisensäure metabolisiert wird, deren Anreicherung dann jedoch zur Metabolischen Azidose und schlimmstenfalls zum Tod führen kann.

Methanol ist eine Flüssigkeit, was eine größere Brandgefahr verursacht; anders als Wasserstoff und andere Gase diffundiert Methanol nicht von Leckstellen weg. Methanol, das versehentlich beim Auslaufen unterirdischer Kraftstofftanks freigesetzt wird, kann verhältnismäßig schnell in das Grundwasser gelangen und Quellwasser verschmutzen, obgleich diese Gefahr nicht gänzlich untersucht worden ist. Die Geschichte des Kraftstoffadditiven Methyl-tert-butylethers (MTBE) als Grundwasserverunreiniger hat die Wichtigkeit des Feststellens möglicher Auswirkungen des Kraftstoffs und von Kraftstoffzusätzen hervorgehoben.

Слишком много негативных побочных эффектов.