1) Из пункта 2 следует ли, что бабушка моей супруги не является биологической матерью ее отца?

Не следует, но у BVA могут возникнуть сомнения в родстве.

2) Есть ли смысл пытаться запросить в Казахстане(мы сами из России) восстановить СОР умершего отца супруги, который был выдан при его рождении?

Есть смысл запросить справку о причине выдачи повторного СОР в 1977-м году.

3) Ну и вообще есть шансы на переезд на основании имеющихся документов?

Есть.

Сам сын бабушки родился в 1960 году. В СОР записали его по фамилии бабушки, так как бабушка официально не состояла в браке с его биологическим отцом. Они вступили в брак только через 4 года в 1964 году. После этого в 1977 году был выдан повторный СОР ее сына с указанием, что мать немка, отец - русский.

Полагаю, что СОР поменяли не потому, что брак зарегистрировали официально, а потому, что биологический отец признал отцовство или усыновил сына. Что могло произойти и в 1964-м году и позже. Хорошо бы еще найти документы это подтверждающие, если вдруг в Казахстане не дадут справку. А СОР Ваш тесть, скорее всего, поменял только перед тем, как получить паспорт и аттестат об окончании школы на фамилию отца, хотя основания могли появится и много раньше. Исходите из этого, когда будете делать запросы в Казахстан.