* если я везде указываю мой израильский паспорт как главное средство идентификации, могу ли я убрать отчество из графы имя или для этого нужно отказываться от отчества? Чем череват отказ от отчества если я остаюсь в Германии, выхожу замуж, рожаю детей?

отказаться от отчества можно только на стадии получения немецкого гражданства.

мы это сейчас активно обсуждаем в Консульских вопросах.

если "это на всю жизнь", значит ли это, что мое полное имя-отчество будет теперь в графе имя на всех моих официальных документах в Германии?

нет

должна ли я теперь идти менять мой ВНЖ?

нет

В университеты здесь я записывалась с израильским дипломом, соответственно во всех подтверждениях о принятии (Цулассунг) я записана без отчества - а их я должна буду предьявлять для получения студенческого ВНЖ - будет ли с этим проблема, если отчество остается.

имхо, это не проблема, тем более, что перевод СОР у вас уже есть.

Есть ли какая-либо возможность эту ситуацию изменить и записываться только с именем? Как часть своего имени отчество я не воспринимаю и мне очень мешает, что отчество записывается как часть моего имени в графе имя.

если оно только в ВУ - то, имхо, стоит оставить всё как есть, пока вам это отчество не внесли везде, куда можно, тем более, что российское гражданство (которое предусматривает наличие отчества) у вас тоже есть.