Компилляция -- это я наверное чуток преувеличил.

Ну почему же? Использование фреймворка не отрицает необходимости оной для создания автономного модуля. В Матлабе таки-есть вполне себе компилятор (не-JIT, как в R).

доп. лицензия для этого не нужна

Вопрос лишь в цене разработки автономного модуля.

Использовать обработку данных в origin при наличии под рукой матлаба просто рука не поворачивается

А что мешает? Та же нелинейная аппроксимация и multi-peak fitting в Ориджине как бы и не поудобнее были. Но Origin и впрямь лучше подходит для высококачественной и сложной визуализации научных данных, как бы его ни продвигали в индустриальный сектор для рутинной обработки. Вторая сильная сторона Origin-а - развитые средства для интерактивной работы, в Pro-версии можно быстро клепать любую "морду" к обработке данных. Кстати, есть Origin Viewer - смотреть графики можно и без полноценной версии. Хотя, конечно, отправлять в проприетарном формате без предварительного согласования - моветон.

PS. Вдоволь наигравшись с имплементацией нелинейной аппроксимации в C/C++ для встраивания в сторонний софт - не просто десяток точек нехитрой функции обсчитать, а чтобы _устойчиво_ работала с самыми _разными_ функциями - я буду всеми силами пытаться использовать для мат.обработки данных готовые решения в виде обсуждаемых программных пакетов.