Да не нужен ни /boot, ни /etc отдельными разделами. Корень на ssd, своп (если вообще нужен) тоже. Можно не большой /home, а данные на HDD.

+1. У меня вторым стоит 30ГБый SSD, на котором 2 параллельные системы -- mint kde (остался с давних времен) и cinnamon. На каждом разделе -- после нескольких лет использования -- свободно около 40%. Swap когда-то скорее по привычке был сделан на hdd (но т.к. swappiness уменьшена до, кажется, 10, он практически простаивает -- если верить тому, что выводится у меня в conky), home -- для обеих систем с одним и тем же юзверем -- на hdd (настройки программ кое-где конфликтуют: отстроил в одной системе, зашел в другую, там они тоже изменились, но плюсов от этого тоже хватает)

Файловая система под корнем - BTRFS. Если на машине только Линукс, то весь HDD для данных c XFS. Накладных расходов минимум по сравнению с EXT4.

А вот это уже интереснее. Дело в том, что после месяца тестов openSUSE (кажется, 13.2 с ee родной btrfs) какoго-то серьезного ускорения перед ехт4, стоящей на втором разделе, я не заметил -- что-то копировалось и читалось чуть быстрее, что-то чуть медленнее. Правда, с тех пор уж года 3, наверное, прошло, так что м.б. сейчас что-то изменилось. Надо будет как-нибудь конвертировать диск со второй (тестовой) системой в btrfs да сравнить. Или хотя бы свежие тесты в инете поискать. Все руки не доходят...

ПС Кстати, кто-нибудь f2fs уже пробовал -- что за зверь? как-то читал про нее хвалебную статью, но т.к. gparted с полпинка в нее конвертировать отказался, отложил эксперименты до лучших времен.