А пограничник российский и немецкий паспорта с билетами не сверяет?

При въезде в Россию? Нет. Нужен только паспорт.
При выезде из России - из личного опыта - немного по-другому: в Пулково (питерский аэропорт) пограничнику надо всегда вместе с паспортом подавать посадочный талон, на котором он тоже ставит свой штамп. Так ли это во всех российских аэропортах, не знаю.

И так же когда обратно в Германию возвращаться буду показываю немецкому пограничнику Немецкий загран, из РФ же лечу, будет ли он смотреть на российские визы в немецком загране - тип каково чёрта я делал в РФ и как долго.

Не делайте проблему там, где её нет. Немецкому пограничнику всё равно, откуда Вы прилетели и сколько Вы там были. Его интересует только Ваше право на въезд в Германию, то есть, Ваш немецкий паспорт. Больше ничего!

Когда из Германии вылетаю показываю немецкий загран - они же будут смотреть визы у меня проставлены или нет для вылета.

Нет! Немецкие пограничники НЕ проверяют Ваши визы в другую страну. Это не их работа. Они проверяют только Ваш паспорт. Показать визу (в Вашем случае: другой паспорт) может попросить только сотрудник авиакомпании, чтобы удостовериться, что Вас можно сажать на рейс. Но если Вы будете сдавать багаж в автомате, то этого гарантированно не будет.