Моя мама въехала в Германию 30.12.18 и выехала из Германии 23.03.19(84 дня) и приехала снова 23.06,т.е. через 93 дня . Все правильно вроде бы.прошло более, чем 90 дней и можно снова заезжать на 3 мес.

Всё правильно.

Интересно то, что из Украины ее не хотели выпускать, мотивируя тем, что она может за 180 дней еще 6 дней находится,а потом ей придется выехать, но все-таки выпустили ее и сказали вроде того, что учтите, если останетесь на 3 мес-вы нарушите правила и соотв.санкции будут.

Мало ли, что украинские пограничники сказали. Это вообще не их дело. В шенгенском пространстве разрешено находиться 90 дней в каждые 180. То есть, от каждого конкретного дня отсчитываются назад 180 дней, а потом смотрится, находится человек уже 90 дней в шенгенском пространстве за эти 180 или нет. Если нет, то всё в порядке. А если после последней поездки прошло более 90 дней, то даже и считать ни к чему, поскольку в ближайшие 90 дней в любом случае будет соблюдаться правило 90//180. Это же самый простой вариант: 90 здесь, 90 там. И если какой-то конкретный пограничник, заметим, не отвечающий за перемещение через границу шенгенского пространства, не знает таких элементарных вещей и не умеет считать дни пребывания в шенгене, однако почему-то берется об этом рассуждать, то это его личная проблема. Не надо обращать на это внимание. А уж про "соответсвующие санкции" вообще ухохочешься. Знаток, ёлки-палки.