А вы трогали этот атом на материальном уровне? Осязали его тактильно? Ну хотя бы видели лично? Да?

Я не физик, соответственно, не занимаюсь исследованиями атома на материальном уровне (с помощью вполне материальных приборов).

Ну так и я видел бога на иконах в церкви ;)

Вы видели его изображения, созданные людьми. А я видел изображения Ганеши, Авалокитешвары, Осириса, Зевса, Барона Субботы и многих других сущностей. И все эти изображения тоже были созданы людьми.

Какой модели будем верить?

Верить? Никакой. А теоретически рассматривать можно все четыре модели. Атом — предмет исследования, а не веры.

Правильно будет: На сегодняшний день мы можем доказать ("доказать" с большой натяжкой, ибо на самом деле даже не знаем подлинное строение атома (лишь верим;)) три изотопа, что будет завтра мы не знаем.

Даже если завтра будет обнаружен или (скорее) получен четвёртый изотоп водорода (например, с тремя нейтронами), это никак не повлияет на то обстоятельство, что различия в свойствах обычной воды и тяжёлой воды обусловлены вполне материальной причиной.

А на счёт "стула" - разве вы не чувствуете, что вы часть большего чем вы есть на материальном уровне?

Я чувствую, что состою не только из тела, но и из множества его функций (включая воображение, чувства, подсознание, интуицию и пр.). Но считать себя частью чего-то бóльшего у меня нет никаких убедительных оснований. Я даже не уверен до конца в том, что привычно называю, например, синим тот же самый цвет, который называет синим другой человек. Мы просто "договорились" называть данный цвет синим, а ощущать его каждый может по-своему.