из 20 остались только 4 и то к диплому допущены 3 !

Это нормально.

в нашей земле есть такой же факультет но предложили с нуля заняться

Если у него заваленный экзамен насовсем (то есть проваленные три попытки), то он не имеет права учить то же самое в любом университете Германии.

Если обещают взять, то пусть идёт.

как это правильно по документам сделать

Подайте до 15 июля документы в приемную коммиссию немецкого вуза! Иначе Ваш сын снова будет в пролёте и поедет домой. Никакие "академические" отпуска иностранным студентам не положены. Беременных ещё оставят, но Ваш сын поедет домой, если не учится.

сына уже ждут на работу в аптеке

Да мало ли кто кого ждёт. С Вашими фантазиями Вы будете об аптеках мечтать или сына пихать на учёбу?

если писать новый бевербунг то указывать нужно что учился уже четыре года

В смысле куда бевербунг? На новую учёбу? Да, нужно. Да и дело не в годах учёбы, а в годах пребывания иностранца в Германии по студенческому ВНЖ. Повторяю: дольше 10 лет (вместе с учёбой на немецкий язык) оставаться нельзя.