Это расписание для кронтаба.
Если надо сохранять только каталог текущего пользователя, команды нужно соответственно изменить, и тогда можно будет их вставить в расписание планировщика через
crontab -e
то, что написал я, подразумевает сохранение всей системы целиком, и должно выполняться от имени root, поэтому использовать надо sudo или su, например
sudo crontab -e
если как в описанном мною случае используется rsync, то необходимо настроить авторизацию SSH по ключу без пароля, например для пользователя root делаем так:

на самом деле дуплисити вещь универсальная, можно делать бэкап как угодно, хотя бы и по ФТП.
Подробности в документации.

Ничего страшного. Просто очередной полный снимок не создастся, а всю следующую неделю будет осуществлятся инкрементальный бэкап относительно последнего полного.

Оно в описанном случае уже с компрессией и инкрементально. Насчет encryption - надо убрать ключик --no-encryption и по документации создать ключ ц паролем в настройках дуплисити.
В случае с виртуальной машиной (наконец-то какие-то конкретные данные: вмдк-, вми-контейнер? виндовс/линукс?) лучше всего настроить создание снапшотов непосредственно перед бэкапом, и делать фулл бэкап с сохранением последних скажем двух.
Потому как я сомневаюсь, что дуплисити отслеживает изменения в конкретном файле.
Но - для виртуального линукса я бы поставил дуплисити прямо в этой же виртуальной машине, и потом
а) сохранил один раз эту виртуалку ручками в укромное место
б) настроил бы бэкап как у меня, тогда получил бы оптимальный размер фулл- и инкрементальных сохраненных кусков.