можно начать учиться по внж Литвы и спокойно делать ВНЖ Германии.

Исходя из чего подобные выводы появляются?

Гражданину страны, не входящей в ЕС, для пребывания на территории Германии не по туристическим задачам (для учебы, брака, работы, нужное подчеркнуть), требуется ВНЖ, выданный Германией. Никакие варианты вроде "учиться/ начать учиться в Германии имея ВНЖ Литвы" не подходят. Нужно, , прежде всего, имея документ, подтверждающий факт будущей учебы, предоставить необходимый пакет документов в АБХ Германии / Визовый центр за пределами Германии. Вот, последний момент может варьироваться, и, действительно, возможно по усмотрению чиновников АБХ, уже непосредственно в Германии, после регистрации по месту жительства, минуя получение въездной визы за пределами Германии, подать заявление на ВНЖ для учебы.

Но такие случаи, как правило, исключительные, и, скорее всего, на подобное особенно не нужно рассчитывать.