Затем я отказался от гражданства России (военный билет сдал в военкомат).

Зачем?

Предположим, что политическая ситуация исправилась

Немаловажно как в правовм смысле она исправилась. Один сценарий, что произошла условная демократизация в государстве под названием "Российская Федерация" (пусть и в измененённых, скорее всего уменьшенных границах относительно 1991). А если РФ просто распадётся как в своё время СССР и на её месте появится АБСОЛЮТНО новое государство (условная "Российская Республика", "Соединённые Штаты Росссии" - не суть), которое, к тому же, не захочет быть правоприемником РФ (в отличии от РФ, которая самопозиционировалась как правоприемник СССР). Тогда всё из времён РФ вообще может быть помножено на ноль.

Сохраняются ли мои данные в системе военкомата (служба, медицинские освидетельствования и т.п.)? Или мне придется начинать всё с нуля, включая прохождение военно-медицинской комиссии/

Первое, это сохранили ли ВЫ свои ФИО при огражданивании в ФРГ?

Есть ещё один немаловажный нюанс. Дело в том, что присуждение категории годности (что и является материальным результатом прохождения военно-медицинской комиссии) происходит в соотвествии с дейтсвующим на тот момент расписанием болезней. Как раз вот прямо сейчас в РФ эти категории годности пересматривают. И то, что в каком-то лохматом году, скажем была присвоена категория "А" (годен), "Б" (годен с незначительными ограничениями) или "В" (ограниченно годен к военной службе) или "Г" (временно не годен) совсем не означает, что её также оценят по НОВЫМ правилам.

погуглите новости:

Минобороны России разработало проект изменений в положение о военно-врачебной экспертизе

Ведомство разместило на Федеральном портале проектов нормативных правовых актов уведомление о подготовке проекта постановления Правительства РФ "О внесении изменений в Положение о военно-врачебной экспертизе" (ID 01/01/11-23/00143907). Соисполнители - Минздрав, МЧС и ФСО Росси

https://www.garant.ru/news/1661630/