Я исходил из последнего пункта, где указано, что справка нужна от обоих родителей.

Так там же в начале указано:

для особи, яка не обліковувалася як зареєстрована в Україні та не оформлювала паспорт громадянина України.

Т.е. это было б верно, если б вы не регистрировали ребенка по месту вашей регистрации в Украине. Но у вас по пунктам

3. Прописываем ребенка у меня. + беру форму 13.
4. Снимаюсь с воинского учёта.
5. Выписываюсь я и ребенок по моему адресу. + беру форму 16 + печать в мой внутренний паспорт о снятии с регистрации.

С момента регистрации на вашем украинском адресе ребенка, он будет лицом, которое состоит на учете в Украине. Далее просто снимаете его с учета и получаете об этом справку.

Может вы плохо понимаете текст на украинском. В перечне же по каждому пункту расписано, для какого лица он подлежит применению.

Вы уж определитесь в том, будете ли вы регистрировать ребенка в Украине.

Думаете консульство в Берлине устроит 1 справка, если ребенка вписать/выписать

Само собой, т.к. это прямо указано в предпоследнем пункте

для особи, яка обліковувалася як зареєстрована в Україні, але не оформлювала паспорт громадянина України, - довідку про зняття з реєстрації місця проживання, видану органом реєстрації;

Где вы здесь видите две справки с разных мест регистрации родителей?

К тому же справку об отсутствии регистрвции вам могут отказаться выдать, т.к. законодательством сейчас определена только форма справок о регистрации и снятии с регистрации. Другие формы справок - это уже на усмотрение и уровень творчества конкретного ЦНАП.