В феврале планируем ехать в Мюнхен продлевать.

Не планируйте, продление срока действия загранпаспортов кануло в Лету и осталось в далеком прошлом. Планируйте только "в феврале", "ехать в Мюнхен", а загранпаспорт сыну планируйте оформлять новый, биометрический. Других сейчас не рисуют. При планировании учитывайте, что с нового года там надо забухивать термины он-лайн. Можно конечно припереться и без термина, но сугубо на свой страх и риск, то бишь быть в очереди аж за всеми теми, кто с забухаными загодя терминами. В смысле, чтобы попасть таким макаром на прием, надо брать с собой в дорогу большую-пребольшую удачу.

А мне сказали, что обязательно нужно украинский внутренний паспорт, который дети получают с 14 лет.

И поделом вам. Будете знать, как звонить. Куда, к какому делу вы собираетесь прицепить это "сказали"? Почетали бы чё-нить для начала шоли, мож и отпала бы охота звонить в рельсу.

Ехать в Украину за паспортом возможности нет.

Ну и хрен с ней, с той возможностью. Нафиг она вам сдалась? Нет ее и не нада.

На консульском учёте не стоим.

Это по барабану. Хотите стойте, не хотите - не стойте. Дело добровольное. Другое дело, если бы это был не ваш родной сын, а вами усыновленный, тогда хош-не хош, а ставь его на консульский учет.

Скажите пожалуйста, можно ли подать документы без украинского внутреннего паспорта

Да.

а позже поехать в Украину и сделать его.

Нафига?

Или может есть другой выход?

Выходов всегда как минимум два. Выбирайте.