Ох, ёлки. Это "премьера" для Франкфурта... Именно про них в первый раз такое слышу. Новенький, что ли, кто-то...

В любом случае, надо или бороться с ними письменно (через МИД, например), или действительно ехать в другое консульство.
Если захочет бороться, то можно попробовать сослаться на Приказ ФМС № 211 от 26.03.2014 п.28.1.8 (прогуглите, не ошиблась ли я с пунктом, там должно быть что-то про заявление в произвольной форме с приложением документов и.т.п.: списала номер параграфа из сохраненной для себя информации, но проверить онлайн актуальность данных у меня до вечера нет возможности).

Ваше предложение хорошее, поскольку даже при наличии КУ во Франкфурте можно подать документы на загранпаспорт в другом консульстве (в том же Лейпциге или в Берлине). Про Лейпциг здесь на форуме в этом смысле, кажется, были только положительные отзывы: не помню, чтобы кто-то писал, что ему отказали в желаемом написании фамилии, особенно если для этого есть такие веские основания.