А где это написано?
Вот именно черным по-белому. Что при наличии оснований для утраты гражданства именно региональный орган решает, в отношении кого начать оформлять, а в отношении кого не оформлять.

Чёрным по белому нигде не написано, но это следует из формулировок закона о гражданстве Украины. В нём нигде не написано, что государство Украина обязано оформлять утрату гражданства Украины, значит, это не обязанность, а право государства Украина, которым оно может пользоваться на своё усмотрение.

Интересно, как у них ПОЛУЧИТСЯ вынести решение: да, у человека есть иное гражданство, но миграционная служба имеет полное право это ИГНОРИРОВАТЬ и утрату не оформлять."

См. выше: это право государства Украины, а не обязанность.

Ведь тем самым суд открыто продемонстрирует, что оформление утраты это именно "орудие мести и борьбы с неугодными"

В принципе, это Ermessen, другое дело - как им пользуется государство. По большому счёту, нет ничего зазорного в том, чтобы оформлять утрату гражданства тем лицам, которые каким-либо образом угрожают национальным интересам государства и/или её суверенитету, безопасности и т.д., и не оформлять утрату рядовым гражданам. Однако, это уже философия.

Кстати, да, пункт 87 указа президента Украины как бы намекает, что инициатива оформления утраты гражданства Украины может исходить либо от миграционной службы, либо от заграничных дипломатических учреждений Украины. Ну а гражданин, конечно, может писать письма в эти инстанции, которые, повторюсь, ни к чему их не обязывают.