И вот неприятность пришла от отца, получила его СоР и оказалось , что оно не первичное(((( он рожден в 1958 в Павлодаре, а СоР выдано в 1961 в ЗАГСе Ленинградского района Москвы .Как быть?

Я бы начала с запроса актовой записи о рождении в Павлодар. Судя по всему, в Москве Вашему отцу восстановили актовую запись о рождении и выдали новое СОР, а первичная АЗ была составлена по месту его рождения в Павлодаре. Правда, непонятно, что с ней такого могло произойти, что через три года пришлось восстанавливать ее уже в другом ЗАГСе. Если в Павлодаре найдется АЗ (в Казахстане можно получить копию актовой записи или справку с ее описанием), то хорошо, если нет, то сделайте запрос в Московский ЗАГС на справку по форме №4, может, она прояснит почему СОР было выдано спустя 3 года после рождения ребенка.

В случае с РФ можете обратиться напрямую в Московский ЗАГС, но указать, чтоб документы прислали на адрес ближайшего к Вам ЗАГСа, а если будете делать запрос в Казахстан из РФ, то это надо будет делать через Ваш ЗАГС по месту жительства.

Ну, а там уже смотрите по обстоятельствам какие справки посылать в BVA, может так оказаться, что это СОР от 1961 года будет Вашим единственным документом о рождении отца.