По месту жительства прабабушки ЗАГС имеет сведения с 1917г, но и в соседнем архиве данных не найдено

А в городской архив по месту рождения прабабушки обращались? В метрических (церковных) книгах сведения о рождении (крещении) искали? До 1918 года все акты гражданского состояния (рождение/крещение, брак, смерть) составлялись в метрических книгах при церквях в зависимости от вероисповедания.

Вполне возможно, что BVA все таки примет во внимание то, что мать прабабушки подвергалась репрессиям по нац. признаку и решит, что от нее можно вести происхождение, потому что в том отказе, про который я писала выше, сказано:

Selbst eine deutsche Abstammung im Gesetzessinne lag keineswegs vor. Ihr Urgroßvater ФИО starb laut Antragsangaben bereits im Jahre 1935. Folglich wurde er nicht mehr von einem Kriegsfolgenschicksal nach Maßgabe des BVFG erfasst. Ihre ebenfalls bereits im Jahre 1935 verstorbene Urgroßmutter ФИО war ohnehin unstreitig litauische Volkszugehörige.

Т.е. в том примере у заявителя и родители бабушки не подвергались репрессиям, т.к. скончались до войны и BVA на этом акцентирует внимание, хотя бабушке и самой было более 16 лет в июне 1941-го. Но у Вас есть справки о репрессиях по нац. признаку на мать прабабушки, так что все же надо попытаться найти документы, доказывающие родство с ней. Я так думаю.