все жили в Кингисеппе

Не уехали в Башкирию? Тогда Ваших предков от выселения спасло именно то, что они уехали в Башкирию. Был проект постановления о переселении немцев из Башкирской АССР, но он остался только проектом.

https://www.alexanderyakovlev.org/fond/issues-doc/1021869

Судя по всему, из Башкирии немцев так и не выселили, но через трудовую армию прошло все трудоспособное население и на спецучет местных немцев тоже брали. Кстати, благодаря мобилизации немцев из других областей в трудовую армию в Башкирию кол-во немцев в Башкирии увеличилось с 6 тыс. на 1939 год до 12 тыс. (столько находилось на учете) на 1949 год. Все сходится: 6 тыс. местных немцев + 6 трудомобилизованных немок. Похоже, что взятия на спецучет никто не избежал.

На 1959 год в Башкирии проживало 13 тыс. немцев. Т.е. получается, что почти все трудармейцы так и остались в Башкирии.

https://www.osu.ru/sites/niisu/docs/germans.pdf

Возможно, что надо поискать сведения о нахождении на учете в комендатуре и о трудовой армии. Прабабушка была какого года рождения?