1. Правильно ли я понимаю, что т.к. на момент июня 1941 года ей не было 16 лет, мне нужно вести линию с прародителей?

Правильно.

2. Нужно ли менять национальность отца в моем СОР ?

Имеет смысл, если рассчитывайте сдавать ШТ. В РК меняют национальность по родителям. Вы у Ваших детей "русский". БВА потребуют, чтобы был немец. А чтобы быть немцем, надо чтобы отец в Вашем СОР стал немцем(если он жив, конечно). Но вы написали, что будете на В1 сдавать. Значит не обязательно это делать. Но отказ суда Вам необходим, что Вы пытались декларировать себя немцем + В1 естественно.

Информация в интернете и у юристов, которые дают первичные бесплатные консультации, расходятся в плане оригинальности документов.

Оригинальный советский документ, где стоит немецкая национальность родителя(особенно в период с 1941 по 1956) - на вес золота. В БВА такие документы "любят".

Смена национальности моего отца в моем СОР приведет к замене моего СОР выданного в Казахстане на Российский.

Ерунда какая. Если Вы родились в Казахской ССР и захотите менять свой СОР, то его выдадут в Акимате по месту Вашего рождения, то есть в Казахстане. И он будет казахским документом.

Какие документы и как их получить с территории Украины по прародителям? Может юристы или адвокаты. Т.к. их переселяли, может в Российских архивах МВД есть необходимая информация?

Вам на них нужны только справки о репрессиях(архивные справки). А лучше и то и то. Как правило они хранятся в МВД того места куда их насильно переселили. Имеет смысл запросить и в начальное место переселения(Казахстан) и конечное(Сибирь). Если и там и там нет данных, тогда делайте запрос туда, откуда их переселили. Можете одновременно сразу в 3 места делать запросы, приложив документы, доказывающие родство с ними.

Вы не писали про СОР бабушки? Он обязательно нужен.

4. Посоветуйте грамотного юриста.

Не нужны Вам горе-юристы юристы. Делайте все сами. Ничего сложного нет.