Именно это и проблема. Нагрузка есть и никуда не денется. Ее надо распределять. Если не на руки, то на задницу, а там, если не на седалищные кости, но на "передницу".
1. Длительные поездки на веле - это спорт. Поэтому что-то будет уставать. В последнюю очередь это должны быть яйца.
2. Начните с рук. Болят руки или именно запястья? Проверьте, при поездке кисти рук должны с предплечьем составлять прямую линию и при ударах в руль не должны аммортизировать удар. Это нужно делать всей согнутой в локте рукой. Ударные нагрузки должны ловится бицепсами, а не мышцами запястья. + перчатки с гелем.

3.Имхо никак . Сдвигая седение назад, нужно добиваться, что бы колено согнутой ноги, стояшей на педали, шатун которой паралелен земле, было над педалью. В инете куча инфы с картинками, как настроить седло. И не долько по вертикали, но и по горизонтали. В идеале при длительном педалировании при вашей посадке вы не должны седалищными костями "терять" седло. Если слишком далеко сдвините назад - через какое то время, когда перестанете себя контролировать, сьедете задницей на тонкий "мысок" седла, например.