Ваши дети при рождении автоматически получили украинское гражданство. Именно получили само гражданство, а не право на него. То, что украинские органы не знают даже о существовании ваших детей никак не отменяет этот факт. Насколько я понимаю, в Японии двойное гражданство запрещено. Чисто теоретически, в будущем ваши дети МОГУТ иметь проблемы, если всплывает тот факт, что они имеют второе гражданство. Можно сейчас махнуть рукой и понадеяться на авось, а потом, спустя годы ваши дети МОГУТ получить кучу проблем. В Германии, к примеру, если человек с немецким гражданством получил второе гражданство без разрешения на то (второе гражданство некоторых стран иметь разрешается), он может потерять немецкое гражданство и такие случаи были.

Я бы на вашем месте сходил на консультацию к японскому адвокату по вопросам гражданства и узнать, могут ли быть в будущем проблемы у ваших детей из-за второго гражданства. Сейчас в эпоху компьютеров все больше данных проверяются на программном уровне и это может "вылезти" через 5-10 лет.

В Германии так сотни людей, получавших российскую пенсию, не указывали ее и получали немецкий социал дополнительно. Считалось - кто сможет узнать про российскую пенсию, все надежно как в банке. Потом все вскрылось и сотни людей оказались под уголовными делами, их потребовали вернуть выплаченные им Германией незаконно деньги + штраф.

Вот нашел следующую информацию. Время у вас еще есть, но не забудьте о самом факте наличия украинского гражданства у детей. Лучше всего все таки оформить украинское гражданство для детей и сразу отказаться от него. Все равно вы будете делать тоже самое для себя.

Японское законодательство не предусматривает двойного гражданства. ... Ребенок являющийся одновременно гражданином Японии и другого государства, обязан в течение двух лет после наступления 20 лет, то есть достижения совершеннолетия по японскому законодательству, выбрать одно гражданство.