Я не настолько силён в биологии и биохимии...

А я - в химии. Все-таки универ закончил 25 лет назад, многие базовые вещи уже забываются. А некоторые вообще не изучал. Например меня озадачила единица измерения, используемая в статье - эквивалент. Может так принято у химиков? В статье, например, говориться про 90 мМ оксалоацетата и 15 эквивалентов перекиси водорода. Это сколько перекиси в молях будет?

3) Присутствие перекиси водорода в нужном месте попадает под определение "могло бы быть, наверное".

Мне кажется там любая реакция и компонент попадают под это определение. С другой стороны авторы и не пытаются вроде бы доказать, что именно так и было, но показывают принципиальную возможность такаго события.

4) Я только мельком пробежал через всю статью - откуда взялся гидрокси-глицин, обеспечивающий синтез аминокислот?

Сочетается с предыдущим пунктом. А 90мМ оксалоацетата и 15 эквивалентов перекиси в 1 молярном фосфатном буфере откуда взялись?

Потенциально наверное могли быть (всего помаленьку). Но именно всего и помаленьку. Об этом я раньше писал Владимиру. Это меня и смущает сильно, что пока все в чистой системе, вроде вполне возможно. Но ведь малат в древнем океане наверняка в чистом виде не плавал,чтобы быть окисленным перекисью. Наверняка вокруг было достаточно других акцепторов кислорода. В результате образование оксалацетата из малата под действием перекиси сильно проблематично.

1) Почему приводится 1Н спектр и нет 13С спектра, который бы намного проще показал уменьшение цепи?

Тут я не орел. А разве на картинке 6 не 13С спектр? Но, повторяю, этим методом я не владею, сразу верю тому, кто разбирается.