Похоже, совсем запутал. Эти два разных человека работают в разных коллективах, над разными продуктами и не знакомы друг с другом. С первым я работал раньше в Киеве, со вторым работаю сейчас в Берлине. Все описанные проблемы относятся к текущему проекту.
Место есть лишь для одного компа и лишь в нестандартных малых корпусах (минимум плат расширения). Помимо компа есть две отслеживающие системы (оптическая и электромагнитная) и еще кое-какая электроника. Все это в компактном мобильном корпусе, таком чтобы операционная сестра могла отодвинуть его в сторону, когда нужно место для другого оборудования. Решение с терминалом не проходит по многим причинам, но мы его пытаемся протолкнуть. С отрисовкой на экране посложнее будет. Данные (а это томограммы, атласы и т.д.) занимают сотни мегабайт. С такими объемами даже GeForce 7800GTS с трудом справляется.

Именно эти проблемы и возникают (за исключением неудобного кода). Но не из-за неправильного применения STL. Просто STL слишком абстрактен, чтобы быть эффективным. В некоторых случаях у нас возможна эффективная линейная сортировка, противопоставить чему STL-библиотеке нечего. И так далее. Практически всюду в критических ко времени выполнения кусках кода "С с классами" и ассемблером дают серьезный выигрыш по сравнению с С++/STL/CGAL. Кроме того, у нас есть проблема фрагментации адресного пространства и, как следствие, невозможность получить новый блок памяти, даже если есть необходимое количество свободной оперативной памяти. За это отдельное спасибо С++ с его бедной подсистемой управления памятью и С++ ассам, динамически создающим тысячи объектов.

При написании конкретных программ ограниченность вычислительных ресурсов всегда является неявным условием решаемой задачи. Если это условие игнорируется, то я не считаю задачу решенной.