По поводу заморочек с ндс как то не задумывался пока, так как пока ориентировался на продажу загружаемых товаров, а там не нужна пересылка, и ндс всего один...
А вообще, есть ещё один магазин к Joomla - JoomShopping, не такой распиаренный как VirtueMart, но быстро набирающий обороты. Насчёт ндс в привязке к пересылке сейчас не скажу что там и как, но даже если и нет, то можно обратится к разрабам, думаю сделают. Контора немецкая, что делает этот магазин, и в ней работает над этим магазином наш земляк(victorantoniak), его в ветке магазина на форуме можно найти, и обратится с этим вопросом, думаю если сейчас и нет этой фичи, то в новой версии могут прикрутить, они довольно неплохо ориентируются на пожелания...
ПС. Joomla + JoomShopping - Магазин довольно приличный, вполне можно делать и крупный магазин, хоть магазин и приподносят как для мелких и средних. Вопрос лишь в предвзятости к основному движку - Joomla, наши часто опираются на инфу про Joomla с российских просторов и бывших республик, а там популярен вордпрес, и джумлу хаят, а двиг по популярности по всему остальному миру стоит на 1-м месте(из бесплатных). Ну и Joomla не специализированный двиг магазина, что тоже многих отталкивает, хотя на связке Joomla + JoomShopping есть всё или почти всё, что и в других магазинах + возможности для портала, блога, галереи и т.д.... Я к примеру сейчас для себя собираю, на одном ядре Joomla мультидоменную связку, для нескольких сайтов - Leading старница + Shop + Blog + Gallery + ..., чего не сделать на одном специализированом двиге магазина.