Разницы часто не какой, в общем плане. Разница лишь в поддержке и каких то отдельных деталях. Некоторые бесплатные работают даже шустрее платных, да и скорость в первую очередь зависит от хоста и интернет соединения зашедшего на сайт. Так что, платный или бесплатный движок, это скорее дело вкуса и лишних денег.

Что бы сайт запомнился, сегодня нужно сильно постараться, так как придумать оригинальный дизайн не так просто, с учётом миллионов сайтов.
В любом случае, дизайн, да ещё индивидуальный, часто стоит половину или даже две трети всего сайта. Чем сложней дизайн, тем дороже. В среднем дизайн у нормальных веб разработчиков и фирм стоит минимум от 150-200 евро, до бесконечности, зависит от часовой ставки и объёма работ.

Логотип стоит так же примерно от 50-80 евро и до бесконечности, в зависимости от сложности его.

Хорошая защита есть для всех современных и популярных движков. НО, не одна защита, какая бы она не была навёрнутая, не гарантирует взлома. Хакеры ломают сайт как семечки, что простых смертных, что сайты крупных фирм. Недавно сайт-блог майкрософта сломали к примеру.
Так что, тут единственная защита, это постоянная сервисная поддержка сайта, и резервные копии. Всё остальное лишь временно может отложить взлом.

Шоп на сайте увеличивает стоимость примерно в два раза. А указанные возможности оплаты есть в любом магазине.
В общем, ваш сайт с индивидуальным дизайном и шопом будет стоить у нормальных индивидуальных веб разработчиков примерно от 600-700 до 1500-2000 евро, на фирме думаю примерно минимум от 2-3 тысяч и до в 10 раз больше будет.
Я лиш примерно привёл что к чему, и по ценам всё зависит от того, кто делать будет. А для этого, нужен ТЗ, тогда и найдутся разработчики, их тут на форуме хватает.