Ключевая фраза во всем этом

Ключевыми вопросами, касательно шопа, должны быть не методы оплаты (это конечно важно), а количество товаров, предполагаемое количество посетителей, т.е. потенциальных покупателей в вашем магазине, и связанное с этим предполагаемое число продаж, и все таки функциональность - чайник не чайник, а это нужно точно прояснить.
Вкратце разверну.
1.Если предполагается большое количество наименований товаров и делается ставка на большое число продаж, то, во-первых, шоп в этом случае, это основной элемент сайта, и нужно однозначно брать шоп систему, конкретный выбор как раз и будет зависеть от числа товаров, числа хостов и функционала. Следующее "если" как раз по функционалу, если все стандартно - зашел-выбрал товар-уточнил кол-во, цвет/размер - положил в корзину-выбрал метод оплаты-доставки - завершил заказ, это одно дело. Но если же нужен некий, специально для вас разработанный функционал, например, как на втором вашем приведенном сайте "Interaktiver Zahnbestellschein", то это совсем другое дело, объяснять почему я думаю не надо?
2.Если же количество товаров небольшое, сам шоп второстепенен и нужен просто как дополнение к сайту, по типу "пусть будет чтобы был", то, возможно, имеет смысл так и сделать, т.е. сделать его дополнительным элементом сайта, т.е. cms система + магазин расширение, например, это может быть joomla+virtuemart, или wordpress+woocommerce.
Второй вариант в любом случае будет дешевле, опять таки, если без дополнительного функционала, то может быть значительно дешевле. Плюс к этому, что, если я правильно понял, у вас нет готового дизайна/макета/шаблона для сайта, и вы полагаетесь на помощь вебмастера? Тогда именно во втором случае можно еще сэкономить, если вот тут -

проявить некоторую гибкость, т.е. все таки взять купить полнофункциональный, симпатичный, ок, респонсивный шаблон и обработать его под свои нужды.
Поскольку, если действительно делать хотя бы только дизайн с этими запросами под заказ, то только этот дизайн может стоить несколько тысяч...
Где то так... добавлю только, что между вашими примерами разница как между землей и небом, в первом случае сайт делался лет 10 назад, и там ничего нет, кроме рюшечек в виде флешек - если вам они нужны, приготовьтесь к тому, что разработка флеш тоже стоит недешево. Во втором случае, это вполне себе современный, как я уже сказал, функциональный и серьезный сайт, сразу видно что серьезная фирма...