Чем?..., во первых несмотря на хорошую затею с лучшей вложенностью категорий, по сравнению с полторашкой, я не могу вывести в виде блога содержимое из всех категорий что в главной категории, а только из конкретной категории. По крайней мере я этого не нашёл, хотя может плохо искал, в чём сомневаюсь. А это значит, дописывай свой вид в компонент контента.
Второе, мультиязычность это конечно супер, для мелких сайтов визиток просто идеально, а вот для больших информационных порталов, несколько геморойно. Хорошо если разные языки сайта, по структуре и содержимому отличаются, но если требо конкретные переводы, то тут проще и удобней расширение типа джумфиша.
Третье, мультиязычное меню, ещё одна заноза в заднице, если в полторашке хватало одного модуля меню, то тут надо либо два отдельных делать, что удобней, либо в одном модуле меню дублировать пункты меню, каждый на своём языке, и привязывать для каждого пункта свои категории и разделы или статьи, для каждого языка. И это хорошо если всего одно меню надо для языка, а если требо для каждого пункта верхнего меню, одно два, а то и три модуля меню, там в лево, вправо или ещё в какую позицию, да ещё и пунктов в каждом по десятку и больше, то тут просто запаришься пока дважды всё сделаешь, то что можно было один раз сделать. Это вам не просто переводы пунктам меню сделать, это для каждого пункта и все настройки произвести, а это не пять секунд на перевод, копи-пасте.
Четвёртое, актуально лишь на данный момент, это недостаточное количество заточенных под 1.6 сторонних расширений.
Есть и другие мелкие неудобства, но к ним можно быстро привыкнуть, чего не скажешь к вышеприведённому, к этому не привыкнуть, с этим придётся мириться или искать обходные пути.

Не в данном случае, с шопом я при переходе проблем не наблюдал, разве что с переходом с 6-го шопа на CS3, да и то только из за нового интерфейса. В джумле 1.6 внесли много коренных изменений, и не только визуальных, они то как раз проблем не создают, а вот кой чего изменили так, что без сторонних расширений и собственных допиливаний не обойтись.
В любом случае я пока только один проект пока делаю на 1.6 джумле, да и то параллельно и не спешно, так что пока может чего и не раскусил в этом новом орехе, вот только данный проект как раз многоязычный и информационный, где джумфиш был бы в самый раз. Думаю вот перенести проект на полторашку, будет куда проще сделать, учитывая массу готовых расширений и наработок.