Соглашусь: тыкать на первую попавшуюся ссылку - не самый лучший способ потратить деньги.

А вот тут - не соглашусь: не знаю почему так, но пару раз покупал у ebookers'ов билеты: один раз в Гонгконг (China Eastern), другой раз в США (по-моему, US Airways, не помню уже) - оба раза таких цен на сайтах авиакомпаний и близко не было: например, HK - 413 евро против где-то 800-900 евро (дело было в НГ), а США - не так драматично, но все же около 200 евро (или долларов) разницы. Правда, оба раза в расшифровке к описанию тарифа (пришлось рыться в описаниях тарифов) стояло "special conditions".
Люфтганза обычно тоже накидывает 10 или 15 евро сбора, если покупать на их сайте (по сравнению с какой-нить expedia или ebookers), похоже действует и KLM.
Но, конечно, это не избавляет от необходимости порыть интернет, если предложение уж слишком привлекательно.
PS. если я правильно понимаю, разница в цене в несколько евро (если мы об обычных тарифах) может объясняться тем, что для привлечения клиента агентство (в данном случае - онлайн) готово "откатить" часть комиссионных, выигрывая за счет объема. Опять же, часть аудитории, вспомнив (через полгода) что "там было дешевле" (возможно) не будет сравнивать и заплатит с нормальным (следующий раз) провизионом.
Понятно, что недобросовестные конторки часто выставляют цену на 7-10 евро ниже, чтобы "подняться" в результатах поиска, а потом (после 5 страниц регистрации) "внезапно вспоминают" о комиссии в 10-15 евро за кредитную карту или любой другой метод платежа, кроме совсем экзотического (которого у 99% клиентов наверняка не будет), не нарушая таким образом регулирование о недобросовестной рекламе.
Но в этом случае надо просто знать из опыта (хотя, думаю, есть сайты с достаточно свежими обзорами комиссий по основным продавцам).