ИМХО Букинг - очень хорошая систама бронирования, многие турагенства тоже работают с букинг и тоже моментально дают Вам подтверждение. Но как везде со своими плюсами и минусами, а также и со своей клиентурой.
Букинг очень хорошо подходит для городского туризма, командеровочных и краткосрочных поездок. Но для пляжного отдыха, места массового туризма - это не самый лучший выбор. Конечно, если Вам неважен отель и в случае чего Вы не собираетесь предъявлять претензии (особенно, если отель находится не в Германии или не в той стране, где Вы проживаете), то можете спокойно бронировать через букинг.
Но если Вам важно качество отеля, то лучше бронировать через туроператора, тогда Вы сможете предъявить притензии туроператору, а не отелю (т.к. притензии нужно предъявлять по месту нахождения ответчика).
В местах массового отдыха отели стараются работать с туроператорами, а не с системами бронирования, т.к. туроператоры выкупают места в отелях и отелям не нужно следить за тем, как распродаются номера в отелях. А т.к. в этом случае отелям приходится выставлять в разных системах, то возможны всякие накладки, при этом притензии к системе бронирования Вы предъявить не сможете, только к отелю, также за достоверность информации об отеле отвечает только отель.
По поводу оплаты, да обычно Вы оплачиваете непосредственно в отеле, но деньги на карточке отель может заблокировать, особенно это невыгодно, если Вы заказали заранее, тогда до тех пор пока Вы не оплатте у Ваш разрешенный кредит будет уменьшен. При этом заблокировать сумму отель может в люой момент, так, что следить за допустимой суммой Вам прийдется с момента бронирования до оплаты.