Что за фигня лезет в приложения?
1. У меня в Settings.apk сидела другая гадость (Android/PUP.Riskware.Batmob.z), но она была достаточно мирной -- самая oбычная реклама, которую убивал простой AdAway.
2. В принципе, при наличии рута заменить инфицированный системный файл "чистым" можно прямым копированием поверх (надо только предварительно перемонтировать системный диск в режим чтения-записи), но для этого, как минимум, нужно этот самый "чистый" файл иметь... я переписывал свой несколькими версиями Settings.apk, но ни один из них с моей старой прошивкой так и не запустился. После 2-3 неудачных попыток я решил, что проще всего скачать с сайта ТХЛ новую прошивку (~600МБ), где эту заразу уже вычистили, флештул и перепрошиться.
3. Кстати, можно попробовать зайти на 4пда в профильную тему по вашему телефону, м.б. там уже придумали менее радикальный метод,
чем полная перепрошивка, для борьбы с этой заразой