запускать можно конечно, кто же не дает?
кроме указанного выше варианта, поиск в гугле на словосочетание "portable skype" дает огромный выбор, у берната например всегда есть самая свежая версия + бета, например, сейчас вот что показывает.
http://portableappz.blogspot.com/search?q=skype
Другое дело, что является приоритетным в этом деле, именно запуск с внешнего носителя или отсутствие следов запуска программы на чужом компе.
Если первое, берешь любой понравившийся вариант и юзаешь, если второе - тут обязательно надо самому тестировать, делать снапшоты системы и реестра до и после запуска портабельной программы, сравнивать и делать выводы. Дискуссия в интернете по этому поводу большая. Возможно, стоит поискать и потестить thinstall сборки - забить в гугль можно, например, "skype Thinapp"..там, если сборщик нормальный, все изменения пишутся в свои виртуальные папки и в виртуальный реестр, так что реально на чужой машине нигде не должно оставаться следов..но это все в теории, и все равно надо проверять, или учиться портабелизировать самому...
Кстати, самый простой способ сделать собственный портабельный скайп очень прост:
Кидаем в пустую папку Skype.exe и саздаём там папку "Skype" и .bat файл с содержимым:
start skype.exe /removable /datapath:"Skype"
... и получаем портабле скайп - запускается с этого батника..
И последнее. Есть сервис, где вы можете получить доступ к скайпу без программы вообще, через веб-интерфейс.
http://imo.im/ - доверять или нет, ваш выбор, но работает, и никаких следов...