ноги немеют во время бега

тогда боли и онемения могут быть результатом перегрузок.
сделай паузу в тренировках. неделю не тренируйся.
потом начни опять бегать 3 раза в неделю но по 30 минут (+разминка перед бегом и + растяжка после бега). Если боли и онемений не будет, то увеличивай тренировки на 5 минут в неделю (одну неделю 35, другую - 40). Где-то на 40-45 минутах можешь остановиться и время уже не увеличивать. Если ты не готовишься к любительским забегам, то тренироваться больше 40-45 минут не имеет смысла.
если же душа таки требует долгие забеги, то тогда нужно снижать темп. Темп тренировки на 90 минут сильно отличается от темпа тренировки на 40 минут.

вот этого надо избегать. Ускорения должны быть заранее продуманными. И вводить их нужно не сразу на всю тренировку, а небольшими отрезками (3-5 отрезка) по 3-4 минуты. И только после пару недель таких экспериметов повышать темп всей тренировки. Конечно, если отсутствуют непонятные боли (легкая мышечная боль после тренировок - это вполне Ок)