1. возможность поймать вирус.
Это больше зависит от пользователя, чем от системы. Да, это проще в вынь, чем в линь, но этого можно избежать, даже без антивируса и файрволла. Так что если пользователь образован, это никак не мешает ни работе, и не отражается на стабильности - если не шляться по левым вебсайтам, не кликать на все линки подряд и не открывать письма от хз кого. Антивирусы и файрволлы решают остальное, кстати.
Кстати, поймать вирус (коли таковой будет) можно и на макос, и на вынь - и там, и там они были написаны в качестве доказательства возможности этого, но малая распостраненность систем (сравнительно, разумеется) не привлекает вирусописаталей. Хотя троянцев и руткитов полно и на линухе - в мире полно похаченных системы на базе *ix (не только линух). Разумеется, похаченных вынь больше - но уже в силу того, что их просто численно больше, и потому что именно они являются основной целью "хацкеров".
Так что вирусы и трояны - это проблема не только системы. Безопасность - это не продукт, а процесс. Можно построить безопасную в этом отношении систему, но тогда у пользователя не останется ни на что прав, использование системы станет жутко неудобным, в итоге он вырубит все вопросы, и... вс╦ вернется на круги своя.
2. нет поддержки зависимистей между приложениями из-за чего реестр становится "кривым".
Как это мешает работе или влияет на стабильность? Не спорю, бывают кривые приложения, но мы говорим про саму систему, а не приложения. Хотя, практически все приложения от самого MS вполне корректно работают и с зависимостями, и с регистром. А вот все остальные - увы, не делают этого (по крайней мере те, которые не используют MSI). Есть масса документации, как _корректно_ это делать (на MSDN), но, понимаешь ли, программеры третьих фирм считают, что это неправильно, и делают по своему...
Есть много кривых приложений и под линь, и много таких, которые способны его повесить в несколько секунд - при неправильном обращении, даже не будучи рутом. Или, как пример, вспомним простой банальный "rm -rf /" - как много юзверей линуха не знают, что это такое? Произведем опрос? А потом я расскажу сколько людей попалось на предложение ввести эту команду, со всеми вытекающими последствиями.
3. 90 % пользователей не имеющих представление что такое консоль.
Ы... Ну а это как влияет на стабильность? Если нет необходимости использовать консоль - нафиг оно нужно? Или если туда не лазить, система будет вешаться? Кстати, многие юзвери (не путать с сиадминами и прочими технарями) в линухе тоже не имеют представления, что такое консоль - им хватает или KDE, или Gnome. Они могут знать что такое есть, но не более того - по той же банальной причине - им там делать нефиг.
И вообще... Я же просил косяки, из-за которых система нестабильна, и которые мешают работе - а твои примеры немножко из другой оперы.