Вот чтобы по клику можно было мгновенно перемещаться между ссылкой в тексте и литературной ссылкой в конце и существуют спец-фичи ОО для работы со ссылками. Но EndNote/ReferenceManager все равно намного лучше. А если использовать сноски, то получится довольно большой объем работы по переформатированию впоследствии.
Вообще - это мое глубокое убеждение - есть смысл диссер сразу верстать в ТеХе. Я, к сожалению, был _вынужден_ пользоваться МСО в силу обстоятельств. Диссер с массой формул и графиков в Ворде сверстать можно. Но, блин, гораздо геморройнее, чем в ТеХе. Да, в МатТайпе можно быстрее набрать сложную многоэтажную формулу, чем в классических текстовых редакторах при наборе исходника в ТеХе, да, в Ворде нет никаких проблем с автоматической нумерацией формул и рисунков по главам (с использованием стилевого форматирования). Но размещение рисунков... Ну не приспособлены ни Ворд, ни Райтер к полноценной DTP. Можно минимизировать геморрой путем комбинирования нескольких рисунков на одной странице, но если рисунков (схем, графиков и т.п.) в работе штук 30-40, то его как ни минимизируй, он все одно будет ощутимым.
Впрочем, если графики мало, то пофиг.