This Directive shall apply to all Union citizens who move to or reside in a Member State other than that of which they are a national

Вот цитата из Вашей цитаты. Дословно тут "кто переезжает или проживает в", тут ни слова про транзит или прочие кратковременные визиты. Плюс вся эта директива применяется исключительно к гражданам, которые в другой стране ЕС проживают (или переезжают туда), и их родственникам. Так что Вы просто сову на глобус натягиваете. У родственников ТС, которая проживает в Германии с немецким гражданством, нет никаких особенных прав по этой директиве. То есть все Ваши рассуждения полный оффтоп.

Вопросы контроля внешних границ и свободы передвижения определяются на уровне ЕС через Директивы и Регламенты.

Не только, часть ЕС, часть национальным законодательством (что в Вашей же цитате так же упомянуто), часть шенгенским кодексом. Где действие директивы распространяется, там должна она применяться, см выше. Да и там проблема может быть в том, что даже если родственник в рамках директивы въезжает в ЕС по шенгенской визе, он все равно должен доказать родство с гражданином ЕС, проживающим в стране ЕС, отличной от его гражданства. В том числе и на границе Литвы или Польши, которая не пускает россиян с шенгенскими визами. Это легче сделать, если гражданин ЕС его сопровождает. Литва, кстати, без всяких директив официально пускает родственников любых граждан ЕС

hold a Schengen visa and:

(a) are family members of citizens of the Republic of Lithuania (as defined in Article 2(26) of the Law of the Republic of Lithuania on the Legal Status of Aliens*);

b) are family members of a citizen of a Member State of the European Union or of a State of the European Economic Area or of the Swiss Confederation (as defined in Article 2(4) of the Law of the Republic of Lithuania on the Legal Status of Aliens**);

А поляки по сути наплевали на директиву и не пускают вообще никаких родственников кроме супруг и детей (параграф 3)

https://isap.sejm.gov.pl/isap.nsf/download.xsp/WDU20230001...

Удачи привлечь их к ответу. Ну или убедить на границе, что директива имеет большую силу, чем их национальное законодательство по вопросу пересечения границы с РФ.