После 90 дней в Германии надо покинуть шенген на 90 дней до повторного въезда.

Уточните, пожалуйста, вы имели в виду, что для повторного въезда в Германию надо покинуть шенген на 90 дней сразу после выезда из Германии или, в принципе, когда-нибудь его покинуть на 90 дней?

Почему вопрос: по ссылке выше с официального сайта ETIAS разъясняют на примере, как работают двусторонние соглашения

EXAMPLE OF HOW AN EU BILATERAL VISA WAIVER AGREEMENT WORKS

The following example of an ordinary US passport holder who has been granted permission to stay in Spain under a bilateral agreement shows how it works:

• Step 1: spend 90 days anywhere in Schengen Area without a visa (например, Германия)
• Step 2: request permission from Spanish authorities to extend the stay
• Step 3: remain in Spain for an additional 90 days without a visa

In this case, the US citizen must not go to any other EU Member State during the additional period. On departure, they must fly directly to a third country, without transiting anywhere in the Schengen Area.

Также помимо выезда за пределы ЕС он может после Испании переехать в другую страну шенгена, с которой есть двустороннее соглашение. Это поясняют в вышеприведенном доке от латвийского МИДа:

After the expiry of the time period laid down in the Schengen Convention and a respective bilateral agreement, the third-country national must leave the territory of the Schengen area or the territory of Latvia, if he/she is entering another member state of the Schengen area with which his/her country of nationality has signed a bilateral visa waiver agreement.

Вы, наверное, имели в виду, что после всех этих перемещений по определенным странам Шенгена в течение 180 или 270 и тд дней израильтянин должен , в любом случае, покинуть Шенген на 90 дней, чтобы опять въехать в Германию?