Вообще-то конкретно в этой бумаге не написано, что кого-то не пустили с ПМЖ Германии. Это выписка из правил, в которой нет пункта про ВНЖ, выданных не Эстонией, а другими европейскими государствами. Если действительно это единственные исключения и действительно человека с NE не пустили, то это очень печально.

Это немного удивляет в свете того, что мы на днях ездили в аэропорт к самолету (передать родителям денег), летела женщина с российским гражданством и немецким NE из Франкфурта в Хельсинки, а дальше наземным путем в Петербург. Она уже в Петербурге, звонила, что доехала абсолютно нормально (и немного долларов моим родителям тоже нормально довезла , евро мы специально не посылали, потому что теперь с ними на границе могут быть проблемы). Возможно, в Финляндии и Эстонии на этот счет на сегодняшний день разные правила? Совсем недавно можно было точно так же летать и через Таллин.

под "не пустили" здесь очевидно имеются в виду работники авиакомпании, которые как обычно перестраховываются. я бы предложил подать на эту авиакомпанию в суд.