Если у пограничников возникнут подозрения, они могут попросить предъявить второй паспорт.

Просить могут что угодно, но гражданин обязан предъявить как условие для въезда лишь один проездной документ, как это и предписано в статье 6.

Представьте себе, что вы решили съездить в Россию на пару дней, чтобы вернуться в Шенген со вторым неиспользованым паспортом. И вот вдруг пограничник ищет все штампы Шенгена и его осеняет, что у Вас нет российских штампов.

Пограничника может осенять что угодно, но действовать он обязан способом, который записан в Кодексе. Вопрос о том, каким образом лицо попало в РФ его не касается, это компетенция пограничной службы РФ. Может у лица есть ВНЖ в РФ, но показывать его при въезде в шенген лицо не обязано.

Он имеет право вам тоже отказать во въезде. Все квиты.

Имеет право отказать, но не на основании своих догадок, а согласно положений Кодекса. А лицо имеет право получить документ о причинах отказа и обжаловать его. Интересно было бы увидеть документ с формулировкой отказа "пограничника осенило и он..."