Ну у слова человек есть еще и другие значения, кроме биологический вид.

Кодекс - это юридический документ. Какие другие смысловые значения у слова "человек"? Кодекс определяет порядок пересечения границы именно человеком, как указание на перемещающийся объект. Другие объекты перемещаются через границу на основании других кодексов

И то, кто с кем заключал договоры, является лишь основанием для пересечения границы, а не для нахождения в странах Шенгенского соглашения.

Сами то поняли, что написали? У вас что нахождение возможно без пересечения границы. Прочтите весь Кодекс, тогда поймете что в нем и о пересечении, и о нахождении идет речь. А вся договорная база отражена в приложениях к Кодексу.

Именно так, но "граждане третьих стран" - это всего навсего категория, которая применима к человеку/персоне/личности (выберите для себя подходяещее определение).

Граждане третьих стран - это термин, которым оперирует Кодекс, и которому в статье 2 Кодекса дается четкое и однозначное определение. Что, как и на основании чего могут совершать эти "граждане третьих стран" изложено в других статьях Кодекса. Не вырывайте из контекста какую то часть, а читайте статьи кодекса в логической взаимосвязи.

Переформулируте фразу "пересечение границы гражданином третьей страны" на "пересечение границы негражданином ЕС" и Ваша теория рассыпется.

Что измениться от замены понятия?

Ровным счетом ничего. Привязка к гражданству остается в любом случае. Т.е. в Кодексе рассматривается любое лицо в неразрывной связи с его гражданством. В тексте Кодекса не рассматривается лицо/человек как таковые, а именно лицо/человек обладающий тем или иным гражданством, в соответствии с которым к нему применимы отдельные положения Кодекса.

Есть права человека, а есть права гражданина. Разница между ними Вам известна?

Полицейский идентифицирует лицо, пересекающее границу именно как гражданина какой то из стран на основании его проездного документа, применяет к нему нормы Кодекса в соответствии с его гражданством.