А в новом паспорте будет другая фамилия или имя и другая дата рождения? Если нет - то смысла в замене паспорт ноль. Иванов Петр, дата рождения 05.05.1978 + фото - вполне уникальные данные для идентификации. В украинские паспорта вписывают ИНН, там и фамилию поменять - не поможет.

Это не помогло бы, если он был внесен в базу, а у него все прошло тихо "пронесло". В данном случае цель не скрыть "себя" в базе, а исключить случайность, при которой кто-то решит посчитать дни между штампами въезда-выезда, и именно смена паспорта это поможет сделать.

Будут ли проблемы с шенгеном или нет - узнаете в следующий раз при подаче документов на визу. У меня знакомый получил немецкую визу для поездки в Германию, но поехал во Францию (прямым самолетом). И впустили, и выпустили без проблем. Но при следующем запросе визы - отказ.

Вы сравниваете не сравнительное. Человек в Вашем примере нарушил правила использования, и в связи с этим получил отказ.

А у вас - нарушение дней пребывания, это посерьезнее будет.

Нарушение, которое пока никто не заметил, а значит оно нигде не зафиксировано, кроме паспорта, поменяв который - нарушение канет в лета.

В базу ISIS эти данные заносятся обязательно

Конечно обязательно, при выявлении нарушения.

и я очень удивляюсь, если там не стоит простейшая программа, которая ищет такие нарушения и ставит метку о нарушениях.

Программа конечно стоит, простейшая такая, считывает штампы/даты, считает по ним дни сама . Но пограничники, видимо, думают "А ну ее!", поэтому предпочитают считать дни самостоятельно